Ngày 31 tháng 12 năm 2013, Bộ Tài Chính ban hành Thông tư 219/2013/Tt-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng

 Theo thông tư này, Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

♣ Có hoá đơn giá trị gia tăng hợp pháp, hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính

♣ Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hoá nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.

Trong đó: 

+ Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán

+ Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán hoặc chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ hai mươi triệu đồng trở lên.

+ Hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hoá đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục hàng hoá, dịch vụ không đủ điều kiện khấu trừ trong bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.

+ Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị mua từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc trước ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31 tháng 12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31 tháng 12, nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:

- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.

- Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.

        Ví dụ: Trong năm 2014, Công ty TNHH ANB có phát sinh các hóa đơn GTGT mua hàng theo hợp đồng trả chậm như sau:

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 3/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/9/2014. 

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 4/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/10/2014. 

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 5/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/11/2014. 

- Hóa đơn GTGT mua hàng tháng 6/2014, thời hạn thanh toán là ngày 20/12/2014.

Công ty TNHH ANB đã kê khai khấu trừ thuế GTGT khi nhận được hóa đơn GTGT mua hàng. Đến thời điểm thanh toán theo các hợp đồng, Công ty TNHH ANB chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, Công ty TNHH ANB được lựa chọn kê khai điều chỉnh giảm theo từng hóa đơn hoặc đến ngày 31/12/2014, Công ty TNHH ANB vẫn chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì trong kỳ kê khai thuế tháng 12/2014, Công ty TNHH ANB thực hiện tổng hợp kê khai điều chỉnh giảm cho tất cả 4 hóa đơn GTGT mua hàng nói trên theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2014, thay thế Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính.

+ Đối với trường hợp từ ngày 1/7/2013, cơ sở kinh doanh thực hiện khai thuế GTGT theo quý thì đến trước kỳ tính thuế tháng 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT nếu trong 3 kỳ tính thuế liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết.

Ví dụ : Doanh nghiệp A tháng 5/2013, tháng 6/2013 thực hiện khai thuế theo tháng, đến quý 3/2013 thực hiện khai thuế theo quý thì nếu tháng 5/2013, tháng 6/2013 và quý 3/2013 đều phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì hết quý 3/2013 doanh nghiệp A được hoàn thuế GTGT.+ Trường hợp trước kỳ tính thuế tháng 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo quý), các cơ sở kinh doanh đủ điều kiện được hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012, Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính thì được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn của Thông tư số 06/2012/TT-BTC và Thông tư số 65/2013/TT-BTC nêu trên.

+ Trường hợp đến hết kỳ tính thuế tháng 12/2013 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc đến hết kỳ tính thuế quý 4/2013 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh chưa đủ 3 kỳ tính thuế liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết không được hoàn của năm 2013 được chuyển tiếp sang năm 2014 để kê khai khấu trừ và áp dụng hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư này.

+  Đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là tài sản cố định phát sinh trước ngày 01/01/2014 thì cơ sở kinh doanh thực hiện khấu trừ theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính; đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là tài sản cố định phát sinh kể từ ngày 01/01/2014 thì cơ sở kinh doanh thực hiện khấu trừ theo hướng dẫn tại Thông tư này.

+ Đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường phát sinh trước ngày 01/01/2014 thì đề nghị Cục thuế yêu cầu các cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai tại Bảng kê hàng hóa dịch vụ mua vào theo Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 12 năm 2013 hoặc quý 4 năm 2013 để nộp cho cơ quan thuế theo thời hạn quy định.